Năm 2004 nhà trường đã ban hành chương trình đào tạo của 9 ngành với 19 chuyên ngành với tổng số giờ là 270 đơn vị học trình.

Trường bao gồm các khoa sau:

• Khoa Kỹ thuật Công trình;
• Khoa Công nghệ Thông tin;
• Khoa Thủy văn và Tài nguyên nước;
• Khoa Hoá và Môi trường;
• Khoa Kỹ thuật Tài nguyên nước;
• Khoa Cơ khí;
• Khoa Điện - Điện điện tử;
• Khoa Kinh tế và Quản lý;
• Khoa Kỹ thuật Biển;
• Khoa Lý luận chính trị;
• Khoa Tại chức.